Цапля с черной короной была впервые официально описана шведским натуралистом Карлом Линнеем в 1758 году в «Системы природы». Линней поместил птицу вместе с журавлями и цаплями в род Ardea nicticorax.
Никтикоракс – образное слово, оно происходит от древнегреческого и объединяет нукс, нуктос, что означает «ночь», и коракс, что означает «ворон». Это слово использовал еще Аристотель. А после него – швейцарский натуралист Конрад Гесснер и все последующие авторы для обозначения ночной цапли с черной короной.